Équipe : Réplicases virales – Structure, mécanisme et drug design
Début de la thèse : Début 2026
Financement : AMIDEX / BPI France (acquis, 3 ans)
Lieu de travail : AFMB, (Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques), Campus de Luminy,
Université d’Aix-Marseille, CNRS – Marseille,
Sujet de thèse : Développement de nouvelles technologies de synthèse d’ARN thérapeutiques et vaccinaux
Objectifs et contenu du projet : Cette thèse porte sur la conception d’ARN thérapeutiques innovants capables d’imiter au mieux les ARN cellulaires et s’inscrit dans le cadre d’un projet collaboratif avec un partenaire industriel. Elle comprend :
1. Des expériences d’évolution dirigée d’enzymes visant à améliorer leurs propriétés catalytiques et à générer de nouveaux outils transférables à l’industrie.
2. L’évaluation de l’impact des modifications introduites sur les ARN (en collaboration avec une équipe du CIML), notamment sur l’induction de l’immunité innée et sur l’efficacité des produits thérapeutiques correspondants.
Ce projet, à l’interface entre recherche académique et développement industriel, offre un environnement pluridisciplinaire intégrant biologie structurale, enzymologie, biologie cellulaire et immunologie. Il sera mené en étroite collaboration avec un ingénieur d’étude chargé du développement des méthodologies et outils nécessaires, ainsi qu’une doctorante en fin de thèse.
Résumé du projet : Le projet vise à développer des polymérases optimisées et modifiées pour améliorer leur efficacité et leur stabilité dans la synthèse d’ARN thérapeutiques et vaccinaux, en se concentrant particulièrement sur les ARN polymérases de phages. Le projet repose sur l’ingénierie de mutants de polymérases capables d’incorporer des nucléotides modifiés et d’initier la synthèse en présence de petits ARN portant des analogues de coiffe. Des mutations individuelles ont déjà été identifiées chez différentes polymérases, et nous combinerons ces informations avec les
connaissances structurales des polymérases afin de cibler les zones critiques pour l’initiation de la synthèse.
L’équipe d’accueil, reconnue pour son expertise sur les mécanismes de réplication virale, la caractérisation des polymérases et l’identification de leurs inhibiteurs, a également démontré comment les virus modifient leurs ARN par méthylations pour échapper aux défenses cellulaires.
En combinant ces compétences sur les polymérases et sur les processus de modification des ARN (coiffage et méthylations), notre stratégie est de développer un procédé innovant capable d’améliorer significativement les technologies de synthèse d’ARN thérapeutiques et vaccinaux.
Compétences et qualifications : Le ou la candidate devra être titulaire d’un Master 2 (ou équivalent) en biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale ou biotechnologie, avec une note finale minimale de 12/20 au Master.
Une expérience en biologie de l’ARN, en biochimie ou en purification de protéines sera particulièrement appréciée. Le doctorat sera réalisé à l’Université d’Aix-Marseille, au sein de l’École Doctorale 658 :
https://ecole-doctorale-658.univ-amu.fr/. L’éligibilité du dossier sera évaluée par l’École Doctorale 658 pour l’inscription en doctorat.
Procédure de candidature : Les candidats sont invités à envoyer un CV et une lettre de motivation à : Etienne Decroly, laboratoire AFMB, 13009 Marseille (ORCID : 0000-0002-6046-024X).
