Offre de Thèse financée par l’ANRS, disponible dès Janvier dans l’équipe Oncogenèse Rétrovirale, CIRI Lyon

Nous recherchons un doctorant motivé et enthousiaste pour rejoindre notre équipe et analyser l’impact des biofilms rétroviraux et de leur composition sur la transmission virale. Les rétrovirus humains HTLV1 et HIV1 possèdent la particularité de se transmettre de façon très efficace par contacts entre les cellules infectées productrices de virus et les cellules cibles. Ce mécanisme permet (i) d’éviter ou de limiter la neutralisation par le système immunitaire ; (ii) de réduire la vitesse de diffusion des virions dans les milieux extracellulaires avant l’attachement aux cellules cibles ; et (iii) d’augmenter la quantité de virus délivré dans les cellules cibles. Nous avons montré que la composition du biofilm de HTLV1 régule la transmission du virus lors d’un contact cellulaire ainsi que l’amplitude de la réponse immune innée (Assil, Futsch et al Plos Pathogens 2019). Les objectifs de ce projet de thèse sont d’identifier les mécanismes moléculaires responsables de la transmission des biofilms HTLV1 et HIV1 aux cellules primaires humaines ciblées par ces virus : lymphocytes T CD4 et cellules dendritiques. Nous utiliserons des techniques de pointe telles que : microscopies de fluorescence de haute résolution, invalidation génétique des composants du biofilm, RNA seq, et mesure de la transmission virale. Ce projet de thèse fait partie d’un projet plus large financé par l’ANRS et réalisé en collaboration avec l’équipe du Dr. Muriaux (IRIM, Montpellier).


Environnement: L’équipe d’Oncogenèse Rétrovirale est reconnue au niveau national et international pour ses travaux de recherche fondamentale sur HTLV1. L’équipe fait partie du CIRI (https://ciri.enslyon.fr/) Centre International de Recherche en Infectiologie qui rassemble des communautés de recherche scientifique et médicale de Lyon, dont les objectifs visent à comprendre les interactions entre les microbes et leurs hôtes afin de mieux lutter contre les maladies infectieuses. Multiculturel et multidisciplinaire, le CIRI offre aussi un large panel de plateaux techniques de pointe.


Candidatures: Les candidats doivent justifier d’un Master 2 avec une expérience de biologie cellulaire et/ou de virologie, ainsi que des compétences en imagerie souhaitées. Des compétences d’ingénierie des rétrovirus et des connaissances sur les relations hôtespathogènes seront grandement appréciées.


Selected publications:
* B. Rocamonde, N. Futsch, N. Orii, O. Allatif, A. C. Penalva de Oliveira, R. Mahieux, J. Caseb, H. Dutartre. Immunoprofiling of fresh HAM/TSP blood samples shows altered innate cell responsiveness. PLoS Negl Trop Dis. 2021 Nov 12;15(11):e0009940. doi: 10.1371/journal.pntd.0009940.
* Pinto DO, Al Sharif S, Mensah G, Cowen M, Khatkar P, Erickson J, Branscome H, Lattanze T, DeMarino C, Alem F, Magni R, Zhou W, Alais S, Dutartre H, ElHage N, Mahieux R, Liotta LA, Kashanchi F. Extracellular vesicles from HTLV1 infected cells modulate target cells and viral spread.
Retrovirology. 2021 Feb 23;18(1):6. doi: 10.1186/s12977021005508.
* Y. Maali, C. Journo, R. Mahieux and H. Dutartre. Microbial Biofilms: HTLV1 First In Line For Viral Biofilm But Far Behind Bacterial Biofilms. Frontiers in Microbiology. 2020. Sep 15;11:2041. doi:
10.3389/fmicb.2020.02041.
* Assil S, Futsch N, Décembre E, Alais S, Gessain A, Cosset FL, Mahieux R, Dreux M, Dutartre H. Sensing of cellassociated HTLV by plasmacytoid dendritic cells is regulated by dense βgalactoside glycosylation. PLoS Pathog. 2019 Feb 28;15(2):e1007589.
Rizkallah G, Alais S, Futsch N, Tanaka Y, Journo C, Mahieux R, Dutartre H.
Dendritic cell maturation, but not type I interferon exposure, restricts infection
by HTLV1, and viral transmission to Tcells. PLoS Pathog. 2017 Apr 20;13(4):e1006353.
* Alais S, Mahieux R, Dutartre H. Viral SourceIndependent High Susceptibility of Dendritic Cells to Human TCell Leukemia Virus Type 1 Infection Compared to That of T Lymphocytes. J Virol. 2015 Oct;89(20):1058090

Les candidatures sont ouvertes dès maintenant et jusqu’au 31 mai 2022. Les candidats doivent envoyer un CV et une lettre de motivation, les coordonnées d’un référent à : Dr Hélène Dutartre: helene.dutartre@ens-lyon.fr

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