Doctorant.e (H/F) en virologie et biologie moléculaire des plantes

Doctorant.e (H/F) en virologie et biologie moléculaire des plantes.

Nous proposons un sujet de thèse sur l’identification de résistances au virus de la jaunisse de la betterave (sujet particulièrement médiatisé ces jours-ci). 
Le projet co-financé par la Région Grand Est et une société privée sera mené à l’IBMP de Strasbourg. 
Le/la candidat(e) aura une formation en biologie moléculaire et cellulaire et en génétique.
 
Vous trouverez plus d’informations sur le lien suivant:

Description du sujet de thèse.
Le projet de recherche a pour objectif de développer une méthodologie innovante pour réaliser des cribles phénotypiques à grande échelle d’une collection déjà constituée d’environ 3000 génotypes de betterave à sucre, appartenant à une société semencière. Ces cribles visent à identifier des génotypes potentiellement résistants au virus de la mosaïque modérée de la betterave ou BMYV. Ce virus transmis par pucerons représente une menace importante pour la betterave qui s’est aggravée depuis l’interdiction de l’usage des néonicotinoïdes. Le crible basé sur une approche rapide et aisée de VIGS, consiste en l’inoculation d’un virus modifié aux génotypes puis la visualisation ou non de l’infection grâce à l’extinction d’un gène de l’hôte impliqué dans la photosynthèse.
Le projet se déclinera en trois parties : la première sera consacrée à la validation du concept sur des plantes hôtes de laboratoire, avec la construction d’un virus BMYV modifié. La seconde partie permettra de mettre au point le crible sur la betterave à sucre en utilisant des lignées tests de la société et des lignées transgéniques résistantes qui serviront de contrôle. La 3ème partie sera dédiée au crible de la collection vis-à-vis du BMYV. Les génotypes présentant une tolérance ou résistance au BMYV seront analysés pour confirmer ce trait. Des tests d’inoculation par pucerons seront également réalisés pour vérifier ce caractère dans les conditions naturelles d’infection. Nous procèderons également à des essais d’infection des lignées candidates à l’aide de virus apparentés ou non au BMYV pour évaluer la spécificité de la résistance.

Contexte de travail
L’équipe d’accueil est constituée d’un chercheur CNRS, de deux professeurs d’université, d’un maître de conférences, d’une ingénieure de recherche, d’une ingénieure d’études et de trois doctorantes. Le/la candidat.e travaillera dans le cadre du projet en partenariat avec la société semencière.
Le/la candidat.e bénéficiera de l’expertise des membres de l’équipe ainsi que celle des chercheurs de la société (pathologistes et généticiens de la betterave). Il/elle participera aux réunions hebdomadaires d’échange et de présentations des résultats de l’équipe et assistera aux séminaires de l’institut. Il/elle sera également en contact régulier avec les chercheurs de la société pour leurs compétences et le suivi du projet.

Contraintes et risques
Utilisation des outils de biologie moléculaire et manipulation de sondes radioactives.

Informations complémentaires
Le projet est financé par la Région Grand Est et une société semencière.
Le/la candidat.e sera titulaire d’un Master ou d’un diplôme d’ingénieur en sciences biologiques, et présentera les compétences suivantes:
– bonnes connaissances en biologie moléculaire et cellulaire et en génétique
– une expérience en biologie végétale
– une expertise en virologie sera un atout
– un intérêt pour l’innovation, le développement technologique et les problématiques économiques
– la maîtrise de l’anglais lu, écrit et parlé
– rigueur expérimentale et curiosité
– une forte motivation, sérieux et assiduité
– un esprit d’équipe et de bonnes qualités relationnelles

Pour candidater, une lettre de motivation, un CV (avec les coordonnées d’au moins un référant) ainsi que les relevés de notes (M1+M2/équivalents) seront demandés.

Informations générales
Référence : UPR2357-VERGRA-001
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : vendredi 31 juillet 2020
Nom du responsable scientifique : David Gilmer et Véronique Ziegler-Graff
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Contact: David Gilmer, Véronique ZIEGLER-GRAFF

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